Il suo debutto nel calcio che conta è datato stagione 2000/2001, con la maglia del Quilmes, con la quale realizza 6 gol in 25 partite disputate. Nelle tre stagioni seguenti, dal 2001 al 2004, compie il salto di qualità e si trasferisce al River Plate; con i Millonarios colleziona 27 presenze e 9 reti. Nel 2004 si trasferisce in Russia. Tre stagioni al Rubin Kazan per Domínguez, che totalizza 21 reti in 63 presenze. La definitiva consacrazione arriva però con la maglia dello Zenit San Pietroburgo indosso. 7 i milioni di euro versati dallo Zenit nelle casse del Rubin Kazan. Con lo Zenit totalizza 46 presenze e 7 reti, con cui vince il campionato nazionale nel 2007 e Coppa UEFA, Supercoppa europea e Supercoppa di Russia nel 2008. Nella stagione attuale torna al Rubin Kazan, con cui si laurea campione di Russia e si mette in luce in Champions League.

Nel suo palmares, anche un campionato del mondo Under 20 con la Nazionale argentina, vinto nel 2001.

Le sue ottime prestazioni, soprattutto in Champions League, ha attirato le attenzione di molti grandi club europei, anche italiani. Stando alle ultime indiscrezioni di radiomercato in corsa sarebbero soprattutto Roma e Valencia, con gli spagnoli nettamente in vantaggio per assicurarsi le prestazioni del giocatore. Domínguez è in scadenza di contratto con il Rubin Kazan e, nonostante la proposta di rinnovo con una sontuosa offerta economica da parte del club, il giocatore sembrerebbe essere intenzionato a lasciare la Russia.

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