A soli vent'anni si ritrova a giocare nel Milan, dove Capello è l'allenatore e ripone in lui grande fiducia. Giunto Arrigo Sacchi sulla panchina rossonera le cose cambiano, tanto che Christian lascia il Milan a soli sei mesi dall'arrivo del nuovo allenatore e da Madrid, dove lo stava aspettando a braccia aperte Capello, rilascia delle dichiarazioni polemiche: "Sacchi sta distruggendo il Milan" riferendosi alle scelte tecniche che spesso lo vedevano relegato in panchina. Nella capitale spagnola, con l'arrivo di Guus Hiiddink, le cose non procedono per il meglio; infatti nella stagione 1998/1999 ci sono dissapori non solo tra lui e il tecnico ma anche con i compagni, motivi che lo spingono a cambiare casacca. Indossa quindi la maglia dell' Inter, solo per un anno però, per via degli screzi avuti con l'allora mister Marcello Lippi che avendolo invitato a scaldarsi per entrare in campo si è sentito rispondere: "Scaldati tu". La ferita con il tecnico viareggino risulterà insanabile, tanto che Panucci resta fuori dal giro della nazionale per tutto il periodo in cui questi ne è cittì, dichiarando che: "Non mi chiama solo per antipatia". Lasciata l'Inter, passa un anno in ombra tra Chelsea e Monaco, prima di approdare nella Roma neo-scudettata, dove ritrova ancora Fabio Capello, ma anche qui si verificano episodi da stigmatizzare: a Reggio Calabria nel marzo del 2004 si rifiuta di entrare sul terreno di gioco sul risultato di 0-0 ritenendo inappropriata la scelta di un terzino anzichè di un attaccante, Carew, per vincere la partita; multato, si ripete nell'Ottobre dello stesso anno dando del bugiardo al nuovo allenatore giallorosso Del Neri che lo terrà fuori rosa per ben nove partite. Purtroppo, però, si registrano episodi spiacevoli anche nell'era-Spalletti: in occasione di Manchester-Roma del 2007 (quando il tecnico dichiara: "Io l'ho convocato e lui non c'era più"), passando per la litigata in diretta televisiva con il portiere Doni in un Udinese-Roma del 2008, per poi arrivare alla situazione attuale per la quale una soluzione definitiva sembra ancora non esser stata trovata.